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國務院于1986年2月14日批準成立國家自然科學基金委員會，作為管理國家自然科學基金的國務院直屬事業單位，自然科學基金委根據國家發展科學技術的方針、政策和規劃，有效運用國家自然科學基金，支持基礎研究，堅持自由探索，發揮導向作用，發現和培養科學技術人才，促進科學技術進步和經濟社會協調發展，逐漸形成和發展了由研究項目、人才項目和環境條件項目三大系列資助格局。堅持以創新能力建設為主線，以培養和造就大批創新人才為核心，以創新環境建設為重點，以機制和體制創新為保障，不斷提高國家自主創新能力，建設創新型國家。

20世紀80年代初，為推動中國科技體制改革，變革科研經費撥款方式，中國科學院89位院士(學部委員)致函黨中央、國務院，建議設立面向全國的自然科學基金，得到黨中央、國務院的首肯。隨后，在鄧小平同志的親切關懷下，國務院于1986年2月14日批準成立國家自然科學基金委員會(簡稱“自然科學基金委”)。

自然科學基金委是管理國家自然科學基金的國務院直屬事業單位。自成立以來，在黨中央的關懷下，在國務院的正確領導下，在國務院有關部門及全國科學家的支持下，科學基金工作突破了以往計劃經濟體制下科研經費依靠行政撥款的傳統管理模式，全面引入和實施了先進的科研經費資助模式和管理理念，確立了“依靠專家、發揚民主、擇優支持、公正合理”的評審原則，建立了“科學民主、平等競爭、鼓勵創新”的運行機制，建立健全了決策、執行、監督、咨詢相互協調的科學基金管理體系，形成了“公正、奉獻、團結、創新”的委風，充分發揮了自然科學基金對中國基礎研究的“導向、穩定、激勵”的功能，不斷發展完善以學科體系為框架，價值評議和績效評估為依據的管理體系并制訂了一整套的自然科學基金管理辦法。同時，按照新時期中國科技工作的原則、方針和思路，根據全面建設小康社會的戰略需求，從國家創新體系建設的總體部署出發，確定了自然科學基金在國家創新體系中的戰略定位：“支持基礎研究，堅持自由探索，發揮導向作用”。