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重慶三峽醫藥高等專科學校是教育部批準，重慶市人民政府舉辦，重慶市教委主管的普通高等學校，是三峽庫區唯一獨立設置的全日制醫藥衛生類高等院校，是重慶市市級示范性高等職業院校，重慶市優質高等職業院校，國家優質專科高等職業院校，國家高水平專業群建設單位。

重慶市萬縣衛生學校創建于1951年，重慶市萬縣中醫藥學校創建于1974年。2006年，兩所中職院校合并升格設立重慶三峽醫藥高等專科學校。2009年，學校管理體制由萬州區管理調整為重慶市教委管理，通過教育部高等職業院校人才培養工作合格評估。2010年，學校被確定為重慶市市級示范性高等職業院校建設單位。2017年，學校成為重慶市優質院校。2019年，學校通過教育部現代學徒制第二批試點單位驗收，被確定為國家優質高等專科職業院校、中國特色高水平專業群建設單位。

學校坐落在萬川畢匯的三峽庫區腹心—重慶市萬州區，歷經近70年櫛風沐雨，秉持“學則恒心，醫則仁心”的校訓，堅守“質量立校、特色強校、改革創新、開放辦學”的辦學理念，恪守“立足三峽、輻射西部、統籌城鄉、服務基層”的辦學定位，逐步形成了“學惟真、行惟實、醫惟仁”的校風、“引導向學之心，升華向善之志”的教風、“勤學、力行、誠信、擔當”的學風，努力把學校建設成為優勢突出、特色鮮明、國內知名的一流醫藥高等職業院校。

學校現有土地839畝，校舍38萬平方米，館藏圖書128萬冊，教學科研儀器設備總值保持年遞增10%以上，基礎設施建設穩步推進，發展后勁不斷增強。學校有直屬附屬醫院3家，開放病床2000余張，非直屬附屬醫院9所，教學醫院11所。

學校設有臨床醫學院、中醫學院、護理學院、藥學院（中藥研究所）、醫學技術學院、公共衛生與管理學院、馬克思主義學院、基礎醫學部、公共基礎部（體育工作部）9個教學院部，并單獨設置了科技處（圖書信息中心、外事辦公室、工程中心）、高等教育研究與質量管理辦公室（高教研究所）、校企（院）合作部3個教學科研機構。